Unos de los aspectos más polémicos de la reproducción asistida es el qué ocurre con los embriones sobrantes que no son finalmente usados. Este hecho supone un aumento en el incremento de la congelación de los preembriones (aquellos con menos de 14 días).

Embriones sobrantes : Ley de Reproducción Humana Asistida

Muchos especialistas  en Reproducción Asistida consideran que la Ley de Reproducción Humana Asistida del año 2006 debería ser actualizada para adecuarse a dichas situaciones.

España genera más de 50.00 embriones al año en sus programas de Reproducción Asistida, pero tan solo la mitad de estos son transferidos en los procesos de gestación. El resto de embriones se congelan durante los dos siguientes años para luego preguntar al usuario qué hacer con ellos. Las opciones que existen son: usarlos en un nuevo embarazo, donarlos a otra pareja o a la Clínica.  Pero un 46% de los pacientes se desentienden totalmente de sus embriones, con lo que unos 115.000 embriones quedan a la espera de resolución por parte de las clínicas, ya que estas no pueden hacer nada con ellos sin el consentimiento expreso de los padres. Desde este punto de vista, cabe entender la preocupación del sector por una legislación que es anticuada en este aspecto.